Tu viện Khánh An (phường An Phú Đông, quận 12, Thành phố HCM) ban đầu là ngôi chùa nhỏ do Tổ sư Trí Hiền (thầy Năm Phận)[6] xây dựng năm 1905. Thời điểm ấy, ông Biện Lục hiến tặng một thửa đất khoảng 4 hécta cho sư Trí Hiền để xây dựng chùa Khánh An. Vì vậy nhân dân địa phương thường gọi chùa Khánh An là “chùa thầy Phận” hay “chùa thầy Năm Phận".[6] Chùa Khánh An khi ấy chỉ là ngôi chùa nhỏ nằm giữa hai làng An Lộc Đông và Hanh Phú (sau này là An Phú Đông) từng là nơi tập hợp nhiều chiến sĩ yêu nước tham gia chống Pháp.[7]

Tháng 7 năm 1939 Chi bộ Đảng đầu tiên của vùng An Lộc Đông được thành lập tại chùa Khánh An. Năm 1940, hai thôn An Lộc Đồng và Hanh Phú sáp nhập thành An Phú Đông. Chi bộ An Phú Đông lúc này có khoảng 20 đảng viên. Thầy Năm Phận - trụ trì chùa Khánh An cũng gia nhập tổ chức Đảng.[6] Dưới sự lãnh dạo của Chi bộ Đảng An Lộc Đông, từ năm 1939 phong trào cách mạng vùng An Lộc Đông phát triển ngày càng mạnh mẽ với nhiều hình thức như: tổ chức mit-tinh đòi giảm sưu giảm thuế, chống bắt thanh niên Việt Nam đi lính làm bia đỡ đạn cho Pháp.... Trước khí thế đấu tranh mạnh mẽ của quần chúng, tháng 7 năm 1940, Xứ ủy Nam Kỷ họp mở rộng quyết định chuẩn bị khởi nghĩa. Các Ban khởi nghĩa được thành lập.

Tỉnh úy Gia Định cử Nguyễn Văn Tiến (tức Mười Tiến - tỉnh ủy viên tính Gia Định) lãnh dạo Ban khởi nghĩa tại tổng Bình Trị Thượng. Nhận được chỉ đạo của cấp trên, các thành viên trong Chi bộ An Phú Đông trong đó có thầy Thích Trí Hiền đã tích cực tổ chức nhiều hoạt động nhằm chuẩn bị cho Tổng khởi nghĩa. Khi khởi nghĩa Nam Kỳ thất bại, một số thành viên của Chi bộ An Phú Đông phụ trách tấn công bót Vườn Tiêu Tân Sơn Nhất, bót ngã năm Vĩnh Lộc bị bắt, trong đó có thầy Thích Trí Thiện, Thầy Thiện bị giam cầm khoảng 1 năm. Mặc dù đã sử dụng những hình thức tra tắn đã man nhưng thực dân Pháp không thê khai thác được thông tin gì nên chúng buộc phải trả tự do cho thầy. Nhưng do bị thương tích nặng vì tra tấn, năm 1942 Thượng tọa Thích Trị Thiện đã qua đời.

Sau khi thầy trụ trì tạ thế, chùa Khánh An vẫn tiếp tục trở thành cơ sở bí mật của phong trào cách mạng. Tháng 3 năm 1945, Mười Lụa vượt ngục trở về An Phú Đông đã đến chùa Khánh An đề ẩn náu. Từ đây, ông bắt liên lạc với Phạm Văn Khải (tức Bảy Khái) Bí thư Chỉ bộ xã Quới Xuân để củng cố lại Chi bộ An Phú Đông.[7] Sau ngày Nam Bộ kháng chiến, tháng 11 năm 1945. lực lượng quân sự và các cơ quan của tỉnh Gia Định đang đóng tại Gò Vấp rút về An Phú Đông. Ngày 25/12/1945 Ủy ban kháng chiến tỉnh Gia Định quyết định xây dựng căn cứ An Phú Đồng trên địa bàn hai xã An Phú Đông và Thạnh Lộc. Chùa Khánh An năm trong căn cứ An Phú Đông và là một cơ sở của lực lượng kháng chiến, chùa Khánh An còn nơi Tiểu đội 17 Vệ quốc đoàn tiễn hành sản xuất các loại vũ khí thô sơ như súng mút, mìn ve chai, lựu đạn... để phục vụ kháng chiến.[6]